企业在发票开具时选错税率的处理方法相对直接且遵循一个基本原则：即遵循错误操作的逆向调整，使用正确税率重新计算收入与税金，并按照调整后的数据进行申报。下面通过具体步骤进行详细阐述。

以A企业为例，若在2017年1月存在一笔销售收入，含税价为117000元，但由于财务人员错误地选择了6%的税率，应按照17%的正确税率进行处理。

首先，进行账务处理及调整。原错误操作下的会计分录包括借记应收账款117000元，贷记主营业务收入110377.36元，以及应交税费-应交增值税销项税额6622.64元。为纠正错误，需执行红冲操作：借记应收账款-117000元，贷记主营业务收入-110377.36元，应交税费-应交增值税销项税额-6622.64元。接着，重新计算基于正确税率的收入与税金，调整凭证包括借记应收账款117000元，贷记主营业务收入100000元，应交税费-应交增值税销项税额17000元。

在纳税申报阶段，首先根据税控系统开具发票的实际情况填写申报表，将开错税率的收入和税金填写为负数。接着，在错误税率一栏的未开票收入中，输入开错发票的收入和税金的负数。同时，将根据正确税率重新计算的正确收入和税率填写在对应栏次的未开票收入一栏中。通过这种方式，税控系统里开具发票的现实情况、财务调账的过程、正确的收入和税金可以完整地反映在申报表中。

如果后续能收回开错的发票进行冲红重开，可以通过与上述相反的申报填列方式进行调整，以确保数据的准确性。这一过程既体现了对错误操作的纠正，也确保了企业税务申报的准确性和合规性。