在财政差额直接拨付方式下的政府采购中，事业单位的会计处理较为复杂。当事业单位采购材料或设备时，如果按照采购合同规定，由本单位支付的部分，应进行如下分录：贷记“银行存款”科目，金额为按采购合同规定由本单位支付的部分；同时贷记“应付账款”科目，金额为按采购合同规定由财政预算资金支付的部分。这表明，事业单位在采购过程中，需记录因自身资金支付的部分和财政预算资金支付的部分。

当事业单位在政府采购过程中，财政预算资金支付的部分实际发生时，应进行相应的会计分录：借记“应付账款”科目，金额为实际支付的财政预算资金；贷记“财政补助收入”科目，同样金额。这一步骤表明，事业单位已收到并记录了财政预算资金支付的部分，确认为财政补助收入。

在实际操作中，事业单位需要详细记录每一笔采购的支付情况，包括由本单位支付的部分和由财政预算资金支付的部分，以确保财务记录的准确性和完整性。同时，这也为事业单位的财务审计提供了必要的依据。

此外，事业单位还需定期检查应付账款的余额，确保所有应付账款都能及时支付，避免因支付延迟导致的财务风险。

总的来说，事业单位在处理财政差额直接拨付方式下的政府采购时，需要严格按照会计准则进行会计分录，确保财务记录的真实、准确、完整，同时，也需注重及时支付应付账款，降低财务风险。