运输发票可以在公司所在地开。

货物运输业小规模纳税人在境内提供公路或内河货物运输服务，需要开具增值税专用发票的，可在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地（含互联网物流平台所在地）中任何一地，就近向税务机关申请代开增值税专用发票。

申请代开增值税专用发票货物运输业小规模纳税人，应符合以下条件：

1、在中华人民共和国境内提供公路或内河货物运输服务，并办理了税务登记（包括临时税务登记）。

2、提供公路货物运输服务的（以 4.5吨及以下普通货运车辆从事普通道路货物运输经营的除外），取得《中华人民共和国道路运输经营许可证》和《中华人民共和国道路运输证》；提供内河货物运输服务的，取得《国内水路运输经营许可证》和《船舶营业运输证》。

3、在税务登记地主管税务机关按增值税小规模纳税人管理。

综上所述，随着货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票地点扩围政策的实施，试点互联网物流平台企业代开票等技术的应用，已让更多物流小微企业享受到智慧办税的便利。

【法律依据】：

《货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票管理办法》第四条

纳税人应将营运资质和营运机动车、船舶信息向主管税务机关进行备案。

第五条

完成上述备案后，纳税人可向代开单位申请代开增值税专用发票，并向代开单位提供以下资料：

（一）《货物运输业代开增值税专用发票缴纳税款申报单》（以下简称《申报单》，见附件）。

（二）加载统一社会信用代码的营业执照（或税务登记证或组织机构代码证）复印件。

（三）经办人身份证件及复印件。