当发票联丢失时，会计处理上可以依赖对方提供的发票存根联复印件，但税务上处理较为复杂。通常情况下，税务机关不会直接认可这种替代证据。然而，根据国税发〔2006〕156号文件，存在特殊情况下的解决方案。如果丢失的发票联在丢失前已经过认证，购买方需收集销售方提供的专用发票记账联复印件以及销售方所在地税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》。经购买方主管税务机关审核后，这些材料可以作为抵扣进项税额的凭证。

若丢失前未认证的抵扣联，购买方需要先到税务机关进行认证，再使用专用发票记账联复印件配合《丢失增值税专用发票已报税证明单》。发票联丢失时，抵扣联可以作为记账依据，复印件留作备查。在这种情况下，考虑到增值税已经抵扣，购买方可以与税务局协商是否可以在所得税前列支相关费用，毕竟增值税抵扣后，所得税的处理确实存在协商的可能性。