1、从一般纳税人手中采购农产品，取得9%税率的增值税专用发票，可以凭票抵扣，即直接认证抵扣；也可以选择计算抵扣。

准予抵扣的进项税额=不含税金额×扣除率

采购农产品用于一般货物的生产或直接销售的，适用的扣除率为9%；采购农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，扣除率为10%。

所以，如果纳税人 适用的扣除率为9%，则可以选择直接认证抵扣；如果扣除率为10%，则建议选择计算抵扣。

2、进口农产品，取得海关进口增值税专用缴款书

企业进口农产品，取得海关进口增值税专用缴款书，按照增值税专用缴款书上注明的税额抵扣增值税。

3、取得3%征收率的增值税专用发票

企业从小规模纳税取得自行开具或代开的3%征收率的增值税专用发票，直接对外销售农产品，按照发票上的金额（不含税）和9%的扣除率计算抵扣增值税；如果纳税人购进农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，可以按照10%的扣除率计算进项税额。