湖州市吴兴区人民法院内设12个职能部门，各司其职，旨在高效执行司法职能。

办公室是法院的中枢，负责协调司法公务，组织会议，督办决定，编写文件，负责文秘、财务、后勤等事务，以及办公自动化管理。

政治处则承担思想政治教育工作，干部选拔、培养、考核、任免等人事管理工作，以及劳动工资、保险福利、人事统计、档案管理等。

立案庭负责案件登记立案、申诉审查、流程管理、司法救助、信访等工作，确保案件处理流程顺畅。

刑事审判庭负责审理危害公共安全、侵犯公民权利等各类刑事案件，提出司法建议。

民事审判庭分为一、二庭，分别负责婚姻家庭、房地产纠纷、合同、票据纠纷等民事案件的审理，指导人民法庭工作。

行政审判庭负责审理涉及土地、工商、税务等行政案件，以及行政赔偿案件，审查行政机关强制执行案件。

审判监督庭负责再审案件的审理，监督案件质量，提出司法建议。

执行局（执行庭）负责执行法院判决、裁定、调解协议中的财产决定，以及其他法律文书的执行。

司法警察大队负责机关警卫、审判值庭、押解等警务工作，以及执行强制措施，开展技能训练。

少年犯罪审判庭专门负责审理未成年人犯罪案件，以及破坏市场经济秩序等案件，提出司法建议。

监察室负责监督人民法官依法履职、遵守纪律，执行法律、法规，调查处理监察信访案件，接待群众举报。

以上12个内设机构共同确保湖州市吴兴区人民法院的高效运行，维护法律公正，保护公民权益。