到2013年，刘惠民教授主持多项科学研究项目：

1996—2000年主持云南省教育厅教学科研项目“学分制改革与实践”。

1999—2000年主持安宁市园林生态城市研究项目；

1996—2000年主持国家“九五”公关项目“工业竹材林培育技术”子课题“优质高产丛生竹材模式研究”；

2001—2004年主持国家林业局“番木瓜，葡萄柚优良品种引进”；

2003——2005年主持云南省教育厅教育科研“十五”计划第二批课题“林业教育综合实习基地研究“项目；

2004-2006年主持国家林业局：“腰果快繁、高效栽培技术示范与推广”项目；

2007年——2010年主持（之一）国家林业局“948”项目“多功能诺丽良种及配套栽培技术引进”；

2009—2012年参加昆明市科技局重点项目“美国杏李杂交新品种引进试验”；

2009——2012年主持2009年度国家科技支撑计划“亚热带森林区营林固碳技术研究与示范”课题；参加云南省重点新产品项目“油茶优良品种选育”；

2009——2012年主持2009年云南省科技创新强省计划2009AC005“美国葡萄柚优良品种引进与推广示范”项目。