通化市国家税务局设有多个部门，各司其职，确保税收工作的高效运行。以下是各部门的主要职责：

办公室：负责年度工作计划制定、文稿起草和审核、机关行政事务、税收宣传、网站管理、科研交流以及处理人大代表建议和政协委员提案。

政策法规科：负责综合性税收政策的组织落实，进行文件合法性审核，处理重大税收案件，监督税收执法，并配合外部监督审计。

货物和劳务税科：负责增值税、消费税等税种的征收管理，解释业务问题，进行纳税评估和税源管理。

所得税科：主要负责企业所得税等征收管理工作，进行纳税评估和日常管理，处理大型企业纳税服务相关事务。

收入核算科：编制税收计划，监督税款管理，进行税收收入分析和监控，负责会计核算及税收数据管理工作。

纳税服务科：协调各部门的纳税服务，落实服务规范，保障纳税人权益，处理纳税人投诉和税收争议调解。

征收管理科：落实征管法规，实施纳税评估，负责税务登记和纳税申报等税务管理。

财务管理科：负责会计核算和财务管理，实施国库集中支付，进行资产管理及审计工作。

人事科：管理干部人事，负责机构编制、任免、考核等人事管理工作。

教育科：负责思想政治工作和精神文明建设，组织人员培训和税务文化建设。

监察室：负责纪律检查和行政监察，监督党风廉政建设和反腐败工作。

进出口税收管理科：负责进出口贸易税收管理，审核退税和政策执行情况检查。

机关党委办公室：负责党群工作和机关思想政治建设，开展党员发展工作。

离退休干部科：负责机关离退休干部的管理和服务。

信息中心：负责税收信息化建设和运行维护，保障信息系统安全。

机关服务中心：负责机关后勤事务管理和保障。

票证中心：负责税收票证的管理工作。

税务学会：组织税收科研活动，研究税收发展，指导基层学会工作。