百色市中医医院设有内科、外科、妇产科、儿科、推拿科、康复科、针灸科、壮医科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、急诊科、麻醉科、预防保健科、医学检验科、医学影像科等临床及医技科室。百色市民族医药研究所及百色市城东社区卫生服务中心位于百色市中医医院内。百色市中医医院的康复科、推拿科是桂西地区技术力量最雄厚、分区最全、环境优雅、服务项目最多的部门。