金华市农业局根据其职能设立了多个内设机构，确保高效运转和农业发展。

1. 办公室：负责全局日常行政事务，包括会议组织、文件起草、政策拟订、财务管理、安全保卫等。还承担农业产业扶持、宣传、扶贫、抗灾物资分配以及内部审计和接待工作。同时，指导农业信息服务体系的建设。

2. 人事科教处：主要负责机构编制、人事管理、教育培训、专业技术职称评审、农业科技规划及推广，农业生态治理和农村能源开发等工作。此外，还负责农业生物质产业和面源污染治理，以及农业植物新品种保护和转基因生物安全管理。

3. 法制处（挂行政审批处牌子）：承担农业法制宣传、监督和执法工作，负责行政复议、听证、应诉等，同时负责部门行政审批服务的规章制度制定和网上办理。

4. 农产品质量安全监督管理处：负责农产品质量监管，组织事故调查，推进农业标准化生产，认证和管理“三品”（无公害、绿色、有机）农产品。

5. 产业发展处：制定农业产业化政策，指导农业企业、现代农业园区和农业保险工作，负责外向型农业和招商引资，并组织农产品营销和推广活动。

6. 经营管理处：负责农村基本经营制度的稳定，农村集体土地管理和农民负担监管，以及农村集体“三资”管理和农民专业合作社指导服务。

最后，直属机关党委负责局机关和直属单位的党群工作，确保党建工作与农业发展紧密结合。