惠州市国家税务局设13个内设机构，级别为正科级。

办公室负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、密码等工作，承担税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作，以及网站运行和维护工作，组织税收科研、学术交流工作。

政策法规科负责落实综合性税收政策，承担机关有关规范性文件合法性审核工作，办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件，组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查，承担税收执法质量考核工作。

货物和劳务税科负责增值税、消费税、营业税、车辆购置税的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法，组织实施有关税种的纳税评估、税源管理等办法，指导有关税种的日常管理、日常检查，参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。

所得税科负责企业所得税、储蓄存款利息所得税和法律法规规定的基金（费）等征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法，组织实施有关税种的纳税评估、税源管理、税基管理、汇算清缴等办法，指导有关税种的日常管理、日常检查，参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。

收入核算科负责编制年度税收计划、出口退（免）税计划，分配下达年度免抵调库计划，监督检查税款缴、退库情况，开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作，承担税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作，承担税收收入数据的综合管理应用工作。

纳税服务科组织、协调和指导本系统各部门、各税种、各环节的纳税服务工作，组织实施纳税服务工作规范和操作规程，组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件，组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉，指导税收争议的调解，承担12366热线、网站纳税服务栏目、短信系统的运行管理工作。

征收管理科负责组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法，组织实施综合性纳税评估办法，承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作，承担税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用等方面的相关工作，组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。

财务管理科负责组织实施会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本，组织实施国库集中支付工作，办理具体支付事项，承担本系统基本建设、资产管理、政府采购、着装管理工作，组织实施财务管理、基本建设项目、大宗物品采购审计和领导干部经济责任审计工作，负责管理机关财务。

人事科负责落实干部人事管理制度，承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作，承担下一级领导班子及领导干部和后备干部的管理、考核及监督工作，监督检查本系统执行干部人事规章制度情况，办理出国政审事项，拟订年度巡视工作计划，组织开展巡视工作。

教育科负责组织实施本系统精神文明建设、税务文化建设和基层建设，拟订并组织实施人员培训、学历教育工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估。

监察室负责组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法，监督检查下一级领导班子及其成员贯彻民主集中制、选拔任用干部、贯彻党风廉政责任制和廉政勤政的情况，组织协调本系统的党风廉政建设和反腐败工作，受理对本系统工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉，查处本系统工作人员违法违纪案件及其他重要案件，开展执法监察和纠风工作。

大企业和国际税务管理科负责对大型企业提供纳税服务工作，承担对大型企业的税源管理、纳税评估和日常检查工作，承担有关税收法律法规和国家（地区）间税收协议、协定（安排）的具体执行工作，组织实施特别纳税调整工作，解释和处理具体业务问题，管理机关和系统外事工作，组织实施反避税调查。

进出口税收管理科负责组织实施进出口贸易税收管理工作，拟订税收管理具体实施办法，承担出口货物退免税的审核审批、年终清算工作，组织进出口税收政策执行情况的日常监督检查，配合有关部门开展反骗税工作。

机关党委办公室负责机关和直属单位的党群工作，承担机关思想政治工作和精神文明建设，承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作，组织实施本系统党建和思想政治工作。

离退休干部科承担机关离退休干部的服务和管理工作，指导本系统离退休干部工作。