怀化市住房公积金管理中心内设多个职能科室，以高效地管理和服务公积金业务。

首要部门是办公室，负责会议组织、文秘、档案管理、信访、宣传、督查、机构编制、人事劳动工资、教育培训、工青妇事务、计划生育和综合治理。后勤接待、科技开发、设备资产管理等工作也在其职责范围内，同时处理中心领导交办的其他任务。

资金归集科的核心任务是编制全市公积金归集计划，市本级公积金的归集、使用计划编制和管理工作，以及个人账户管理，包括与银行的对账等。

资金营运科主要负责公积金的使用计划，确保安全和保值增值，制定信贷计划，进行个人公积金贷款的审核和管理，编制调度计划，指导各县(市、区)公积金贷款和提取工作。

财务科是财务核心部门，负责年度预决算编制，会计核算，财务收支计划，以及公积金贷款资金划转等关键操作，同时负责统计和电算化会计管理培训。

稽核科承担内部审计和职工公积金贷款稽核，监督不良贷款管理，资产损失核销，逾期贷款处理等工作。

信息科负责中心计算机系统的管理和维护，确保网络运行顺畅，以及设备采购和对外联络。

会计结算科负责全市公积金业务的财务核算，报表编制，增值收益使用计划实施，以及会计档案管理等。

此外，中心在沅陵县、辰溪县、溆浦县等12个县(市、区)设立了管理部，作为分支机构，负责各自行政区域内的公积金缴存、提取和个人住房贷款等业务，副科级权限。