南京大学金陵学院与南京大学的毕业证书有所不同。南京大学金陵学院的毕业生将由学校颁发教育部统一印制的普通高校毕业证书，符合条件者则可获得南京大学金陵学院的学士学位。

南京大学金陵学院在2004年转型为一所具有本科教育层次的独立学院，虽然与南京大学有紧密联系，但它们之间的关系主要体现在南京大学提供的优质教育资源上，以及金陵学院所采用的南京大学的教育机制和办学模式上。除此之外，两者之间几乎不存在其他联系。

南京大学金陵学院的毕业生在就业市场上同样拥有较高的认可度，其学历与南京大学的学历在很多方面具有相似性。但需要注意的是，南京大学金陵学院的学位证书上会标注“南京大学金陵学院”字样，而非南京大学的名称。

因此，南京大学金陵学院的毕业生虽然在学历层次和学位授予上与南京大学相似，但在毕业证书的具体形式上存在差异，且在一些特定场合下，南京大学的学位证书可能会更受青睐。

总体而言，南京大学金陵学院的教育质量得到了广泛认可，其毕业生同样具备较强的竞争力。然而，对于选择深造或继续攻读研究生学位的学生来说，选择南京大学直接就读可能更具优势。

尽管南京大学金陵学院与南京大学之间存在这种特殊关系，但南京大学金陵学院的毕业生在很多方面依然能够获得与南京大学毕业生相同的机会。