北海市工商业联合会设有多个职能部门，以高效地服务于会员和推动工商界的发展。以下是各部的主要职责：

首先，办公室承担日常行政管理工作，包括文件起草、印制、档案管理、考勤记录以及来信来访的处理。办公室确保内部沟通的顺畅，同时协助会领导完成其他重要任务。

其次，会员部负责组织宣传和会员管理，协调基层同业公会的关系，协助会员参与政治活动和维护其权益。部门通过教育工作，加强会员的思想政治建设，并积极倾听会员的意见和建议。

经济部则专注于为会员提供经济咨询服务，举办各类专业培训，涉及法律、审计、融资和职称评定等。部门还负责会内的服务事业，帮助调解经济纠纷，组织内外经济活动，促进会员的经济活动开展。

最后，联络部扮演着对外交流的角色，与台、港、澳以及国际工商社团保持密切联系，协助引进资金、技术与人才。部门还为会员提供出国（境）服务，组织考察访问和经贸洽谈，并负责国内友好商会的联络工作。