上饶市信州区卫生局根据其职能，设有多个内部管理机构，包括:

1. 办公室：负责全局及下属单位的人事管理、劳动工资、机构编制及人事统计工作，同时管理离退休干部并处理卫技人员的职称申报事务。

2. 综合协调科：承担综合协调、信息调研、文秘处理、信访接待、后勤管理、安全保卫、综合治理、计划生育以及综合性文件起草和会议组织等工作。

3. 财务科：主要负责卫生事业经费的预算编制、经费管理，包括区级卫生事业经费及专款使用，资产管理，以及对所属医疗卫生单位的审计工作。

4. 医政科：负责医疗卫生发展规划，实施医疗机构准入制度，行业管理，医疗市场调控，医疗服务质量管理和医疗安全监管。此外，还负责执业医师和护士的注册工作，以及科技计划的制定与推广，以及乡村医生和个体医生的培训、考核和管理。

5. 预防保健科：制定卫生防疫规划，进行执法监督，负责公共卫生安全，包括法定报告传染病的监督和控制，以及妇幼保健工作和血吸虫病防治等。