专项资金账务处理涉及的是企业从政府那里获得的具有特定用途的资金管理。这个科目主要用于记录那些作为所有者投入且有专门用途的款项，并可以按资本性投资项目进行明细分类。当企业收到这些拨款时，会计操作是借记"银行存款"，贷记"专项应付款"。专项资金的使用则体现在工程项目中，例如，借记"在建工程"科目，同时贷记"银行存款"和"应付职工薪酬"等。

工程项目完成后，如果形成长期资产的部分，专项应付款会减少，贷记"资本公积---资本溢价"。对于未形成长期资产的部分需要核销，同样借记"专项应付款"，贷记"在建工程"。当拨款有余额需要返还时，借记"专项应付款"，贷记"银行存款"。这部分资本溢价可能转化为实收资本或股本，此时借记"资本公积---资本溢价或股本溢价"，贷记"实收资本"或"股本"。

专项应付款科目期末如果贷方余额，就表示企业尚有未转销的专项应付款，这反映了企业的专项资金管理情况。总的来说，专项资金的账务处理是一个记录和跟踪资金流向，确保资金使用的准确性与合规性的过程。