仙桃市粮食局内部设有多个机构，各自承担着不同的职能，以确保粮食系统的高效运作。

办公室作为主要协调部门，协助局领导处理日常事务，负责组织局内会议并督办决定事项，起草和审核局发文件，并负责文秘、机要、档案、信息及政研工作。同时，办公室还负责局机关和直属企事业单位的党群工作，开展职工教育和岗位业务培训，以及接待来访、后勤服务和安全保卫工作。

业务科专注于粮食市场管理，负责全市粮余缺调剂工作，确保部队、城乡灾区的粮食供应。该部门编制粮油商品流转计划，监督粮食政策和计划执行，统一组织全市粮油商品储备统计工作，审查粮食经营资格，指导粮油商品的收购、保管、调拨、运输和检验，并负责国家储备粮的调运和储存，参与仓储建设规划，指导全市粮食储备。

人事科负责系统内的人事、劳动工资管理和人员调配、招聘工作。此外，该部门还配合有关部门进行专业技术职称评聘、养老保险和计划生育工作，并负责离退休干部职工的政治和生活待遇落实。

财务审计科执行国家有关粮食财务会计和税收信贷法规，制定全系统财务管理办法，编制年度财务计划和会计决算，监督管理全系统的国有资产。该部门指导财务核算、审计监督、增收节支工作，管理和培训系统内财会人员，并开展企业内部审计。

工贸办公室作为副科级机构，制定粮食工贸企业发展规划，指导工贸企业的内部配套改革，资产管理及存量工作，研究和发展粮油深加工和精加工。

除上述部门外，纪检（监察）、工会机构按照相关规定设置，确保粮食系统的纪律和员工福利。