东阳市林业局的机构设置包括多个部门，各自承担着不同的职责。

办公室作为综合管理部门，负责协助局领导组织日常工作，制定和监督执行规章制度，处理文秘、档案、会议、信息、督查、信访、保卫、保密等工作，以及林业宣传、财务管理和日常事务管理，还参与林业生态建设、产业化发展、资源保护和国土绿化的调研工作。同时，负责干部、职工的思想政治教育和专业技术人员的继续教育，推广新技术，并指导农村林业技术培训。

行政审批科负责林业行政许可项目，如林木采伐许可证、木材运输证等15项，以及征用占用林地审核等非行政许可项目的审批审核。

营林科（市绿化办、市山区开发办公室）负责林业发展规划和生产计划的编制，指导各类林木培育、防沙治沙、绿化造林等，同时也负责森林工程项目建设和国有林场、乡村林场的管理和推广工作。

林政管理科主要负责林业法律法规的宣传执行和检查监督，包括森林资源管理、森林采伐限额制定、野生动植物保护等，并进行资源林政管理的调研和上报工作。

法制科（市政府调处山林纠纷领导小组办公室）制定林业行政执法程序，处理行政复议，监督法律法规执行，培训执法人员，并负责调处山林纠纷。

东阳市林业局森林公安局（森林警察大队）主要负责森林和林业相关案件的查处，维护森林安全。

此外，还有东阳市森林防火办公室负责森林防火宣传教育和扑救工作，木材检查站负责木材运输秩序的维护，种苗管理站负责林木种苗生产和质量管理，森林植物检疫站负责森林植物检疫，森林病虫防治站负责防治工作，以及各林场负责各自的森林资源培育、管护和多种经营发展。