赤峰市环境保护局内设机构为监察室、自然保护科、监督管理科、环境影响评价科、污染控制科、污染物排放总量控制科、法规科技科、规划财务科和办公室。

监察室负责承办环境保护系统纪检监察工作。

自然保护科负责赤峰市自然生态保护、农村牧区环境保护工作，组织编制生态保护规划和农村牧区污染防治规划，提吃新建和调成的自然保护区的报批、审批建议，开展生物多样性和生物安全管理工作，组织生态状况评估和生态示范创建、生态农业建设等工作。

监督管理科负责赤峰市建设项目施工试生产阶段的环境监理和竣工环境保护验收工作，日常监督管理环境监理机构，组织环境影响评价后评估工作，负责核安全和辐射安全的监督管理。

环境影响评价科承担重大经济技术政策、发展规划和重大经济开发计划的环境影响工作，审核各类专项规划和建设项目环境影响评价文件，日常监督管理环境影响评价机构。

污染控制科负责水体、大气、土壤等污染防治工作，制定排污申报登记和跨旗县区界河断面水质考核等环境管理制度，组织实施污染防治规划，指导城镇环境综合整治，解决跨区域的环境污染纠纷。

污染物排放总量控制科负责制定污染物排放总量控制、排污许可制度办法和主要污染物减排措施，提出污染物排放总量控制计划，考核主要污染物减排情况，承担环境统计和污染源普查工作。

法规科技科起草环境管理办法草案，指导和监督全市环境保护法和依法行政工作，承担行政复议、行政应诉和处罚等工作，回复市人大议案和政协提案，负责环境保护科技监测工作，开发、推广环境保护技术，承担环境管理体系认证管理工作，组织环境监测工作，调查评估和分析预测环境质量状况，承担环境保护国际公约履行和涉外环境保护事务，参与温室气体控制、清洁发展机制和推动循环经济工作。

规划财务科组织编制环境功能区划、环保工作规划并监督实施，审核全市环境保护专项规划，提供环保领域财政性资金安排建议，承担财务、国有资产管理、内部审计工作，负责财务预算和决算，组织环保设备政府采购管理工作。

办公室负责机关文电、会务、机要、档案、财务、固定资产和行政接待等日常工作，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻发布以及全市信息网络建设和管理工作，组织开展环境形式综合分析，承担局机关、直属事业单位机构编制、人事工作，指导地方环境保护行政体制改革工作，负责党务、群团、干部培训及离退休人员的管理工作。