线粒体内部存在着两种重要的呼吸链，它们分别是主呼吸链（NADH呼吸链）和次呼吸链（FADH2呼吸链）。这两种呼吸链在功能和组成上存在差异，共同负责电子的传递和氧化过程。

线粒体内的呼吸链酶总共有五个，分别是NADH（也被称为复合物I）、琥珀酸氧化还原酶（即复合物II）、细胞色素C氧化还原酶（复合物III）、细胞色素C还原酶（复合物IV）和ATP合成酶（复合物V）。这些酶在氧化还原反应中扮演着关键角色，确保细胞获得能量。

在生物细胞中，代谢物上脱下的氢（或电子）主要由NAD+、NADP+和FAD三种载体接受。由于线粒体中需要通过呼吸链氧化和电子传递的主要代谢物是NADH，而FADH2相对较少，因此可将呼吸链分为两种类型：主呼吸链和次呼吸链。主呼吸链（NADH呼吸链）以NADH作为起始点，而次呼吸链（FADH2呼吸链）则以FADH2作为起始点。

主呼吸链（NADH呼吸链）的组成包括复合物I、复合物II、复合物III、复合物IV和复合物V。这一过程始于NADH，随后通过一系列酶的参与，最终将电子传递给分子氧，产生水，同时生成ATP，为细胞提供能量。这一过程中，复合物I、复合物III和复合物IV发挥着关键作用。

而次呼吸链（FADH2呼吸链）则由复合物II、复合物III和复合物IV构成。来自FADH2的电子不经过复合物I，直接参与后续的电子传递过程。这一过程同样需要复合物III和复合物IV的参与，最终将电子传递给分子氧，生成水，同时生成ATP。

虽然这两种呼吸链在结构和组成上存在差异，但它们都遵循着类似的电子传递过程，共同为细胞提供能量。主呼吸链和次呼吸链的协同作用确保了细胞在不同条件下都能有效地进行能量代谢。