执业药师与初级药师在资格考试、报名时间、考试时间、考试科目以及报名要求、工作用途上存在明显差异。

执业药师考试由国家人事部与食品药品监督管理局组织，报名在每年的4月至7月，考试时间为10月至11月，包括四门科目：药事管理与法规、药学专业知识（一）、药学专业知识（二）和药学综合知识与技能。初级药师考试则由国家卫计委组织，报名在12月至1月，考试在5月，同样设有四门考试科目。个人认为执业药师考试难度较高。

执业药师与初级药师的报名要求也有显著区别。以本科学历为例，执业药师需从事相关工作3年方能报考，而初级药师只需毕业一年即可报名。执业药师的工作证明可以由药企提供，专业范围广泛，包括制药工程等。初级药师的工作证明则必须来自医院、社区卫生所，且毕业院校需为国家卫计委认可的学校，制药工程专业通常不被接受。

执业药师的主要用途在于药店行业，根据国家规定，每个药店必须配备一名执业药师。通过执业药师资格考试后，持证者即可在药店工作。初级药师则侧重于技术职称，考试通过后，单位可聘任持证者为初级职称人员。