公司代扣个税计入“应交税费”科目。

详细解释如下：

1. 基本概述：

当公司代扣员工的个人所得税时，这表示公司承担了代扣代缴的义务。这笔税款是企业的支出，因此需要在会计上作出相应的记录。

2. 具体科目应用：

在会计记账时，代扣的个人所得税应记入“应交税费”科目。这意味着公司扣除了员工的个税后，需要将其作为企业的一项应交款项进行记录。当公司将这笔款项上缴给税务部门时，代表已经完成了自己的代缴义务。这个科目是表示公司在一定时期内应缴但未缴的各种税费的总称，包括各种税种的缴纳情况。

3. 税务处理的重要性：

正确的税务处理对于企业至关重要。不仅涉及到企业的财务准确性，也关系到企业与税务部门的关系维护。任何税务方面的疏忽都可能导致不必要的税务风险，因此，确保每一笔税务款项都正确记账和核算非常重要。

4. 遵循法律法规：

企业在进行代扣代缴个税时，必须严格按照国家相关税法进行。任何违反税法规定的行为都可能引发法律风险，不仅影响企业的声誉，还可能带来经济上的损失。因此，确保税务处理的合规性是企业财务管理中的一项重要任务。

总的来说，公司代扣的个人所得税应记入“应交税费”科目，这一处理过程需要严格按照国家的税收法规进行，以确保企业的财务准确性和合规性。