祁阳县地方税务局机构设置包括内设行政科（室）7个与直属机构2个。

内设行政科（室）涵盖办公室、税政法规科、征管和科技发展科、收入规划核算科、财务管理科、人事教育科及监察审计室。其中：

办公室负责日常政务、文秘、综合、税收宣传、新闻发布、政务公开、网站管理等工作以及局机关行政接待、物业管理等后勤服务的组织管理工作。

税政法规科负责地方各税的税政业务管理及执行税收政策、法律法规情况的督促、检查，税务行政处罚和税务行政诉讼及行政复议等工作，地税部门征收的各类费（金）的指导、管理工作。

征管和科技发展科（发票管理科）负责综合性税收征管法律、法规和规章制度的贯彻和征管业务的指导工作，征管建制、征管质量检查等工作，纳税服务相关工作，税收管理信息化规划和综合管理工作，发票管理工作。

收入规划核算科负责税收计划编制、税款缴（退）库情况监督、收入分析预测和重点税源监控等工作，税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关制度的组织落实，税收收入数据的综合管理应用工作。

财务管理科负责税务经费、装备、资产以及局机关财务管理，编报审核财务预决、算，经费拨付、政府采购、服装发放工作。

人事教育科负责人事管理、思想政治工作和精神文明建设、教育培训、党群及离退休人员管理等工作。

监察审计室负责纪律检查和行政监察工作，组织实施财务经费内部审计工作。

直属机构包括办税服务中心和稽查局。办税服务中心负责办税服务相关的税收政策宣传、咨询和解答，税务登记证件办理和发放，税务发票发售、代开和缴销，纳税人（或扣缴义务人）纳税申报（或扣缴申报）受理、税收票证开具和税款（费、金）、滞纳金、罚款征收入库，减免税审批（或备案）资料受理、初审及文书发放，征管业务数据审核、录入和管理。

稽查局负责组织辖区内的税收专项检查工作，实施专项稽查，地税违法案件举报受理和查处工作，组织或配合公检法等部门打击偷税、逃税、抗税、骗税等税务违法行为。

税务分局作为派出机构负责执行税法，提供纳税服务，实施税款征收，处理税务纠纷，提供政策咨询服务等。