杭州市食品药品监督管理局江干分局的内设机构包括综合办公室，其主要职责是负责分局的综合办公事务，包括信息宣传、干部和劳动工资管理、政策法规以及财务资产的管理工作。

药械监管稽查科专注于药品和医疗器械的监管，他们负责查处区域内违反相关法律、法规和规章的行为，确保药品零售企业的药品经营质量管理规范得到有效执行。此外，他们还监督处方药与非处方药的分类管理，并协助实施医药从业人员的职业资格制度。

食品药品监察协调科是另一关键部门，他们负责综合协调食品、保健品和化妆品的安全管理工作。他们与相关部门合作，收集和上报本地区的安全信息，组织和协调重大安全事故的调查处理。在接到上级授权或委托时，他们会开展专项执法监督活动。此外，他们还参与食品、保健品和化妆品安全的应急救援工作，同时承担区食安委办公室和当地政府食品安全委员会的日常工作。