南京工程高等职业学校和南京高等职业技术学校各有优势，选择哪所学校更好，取决于个人需求和兴趣。

南京工程高等职业学校：

南京工程高等职业学校是一所专注于工程技术领域的高等职业学校。学校拥有先进的实训设施和一流的教学团队，注重培养学生的实际操作能力。学校的专业设置与工程紧密相关，如机械工程、土木工程等。如果你对工程技术有浓厚的兴趣，希望在这些领域深入学习和实践，南京工程高等职业学校会是一个不错的选择。

南京高等职业技术学校：

南京高等职业技术学校是一所综合性高等职业技术学校，拥有多个优势专业，如信息技术、商贸旅游等。学校注重学生的全面发展，提供多种职业技能培训和实践机会。学校的教学质量和师资力量也得到了广泛认可。如果你希望接受全面、综合的职业技能培训，南京高等职业技术学校也是一个很好的选择。

两所学校在各自的领域都有显著的优势。南京工程高等职业学校在工程技术领域有着深厚的积累和实力，而南京高等职业技术学校则提供更为综合的职业技能培训。因此，选择哪所学校更好，主要取决于个人的兴趣、专业需求和职业规划。

建议学生在选择学校时，还可以考虑其他因素，如学校的地理位置、校园环境、学费等。可以亲自去学校参观，与学校的老师和学生交流，了解更多的信息，从而做出更合适的选择。