兴化市司法局设有多个职能科室，包括办公室，由吴海媛负责，负责政务实施、文件起草、对外宣传等工作，还负责行政事务、文秘、财务、资产管理等综合工作。政治工作科由徐凤华负责，主要负责队伍建设、思想工作、表彰奖励及人事管理工作。社区矫正工作科（市矫正办）由张林淦管理，负责全市社区矫正对象的监管协调和市矫正工作领导小组办公室日常工作。

宣传教育科（市普法办）由陈美元负责，负责法制宣传教育工作规划和实施，指导对外法制宣传，以及法制宣传工作领导小组的日常工作。基层工作科由李国金负责，负责乡镇司法所管理和法律服务所指导，包括资格审核、申诉投诉处理等。安置帮教工作科（市帮教办）由方林负责，负责安置帮教工作规划、回归人员管理及帮教组织建设。

公证律师管理科由景安庆负责，根据相关法律管理律师、公证工作和法律顾问事务，包括律师事务所设置审核和律师执业证管理。市法律援助中心由沈沉负责，负责法律援助工作，包括法律咨询电话服务和青少年维权中心工作。市社会矛盾纠纷调处服务中心由方林领导，负责大调解、人民调解的日常管理和矛盾纠纷的调处工作。

此外，下属事业单位如兴化市公证处由戴才元负责，负责公证工作的规划与涉外公证事项的初审，通过公证活动维护法制和社会秩序。