办理保密资格认证的流程如下：

首先，甲方需要提供合同或合作意向书。一旦双方签订，认证程序即正式启动。

密级的确定由甲方决定，并需附带密级证明表。若甲方为上市公司，还需提供上市相关资料。

针对企业规模小，涉密人员较少的情况，需成立由总经理、副总、质量总监、财务办、行政部主任、人事办以及研发人员组成的领导小组或委员会，下设保密工作机构。

认证的发放机构为国家军工保密认证中心，位于国防科工局。您需向北京市保密局提交《申请书》，随后再向科工办保密委提交。

《申请书》撰写可能对您来说较为复杂，建议寻求专业指导。您可与当地保密局联系，获取撰写指导和相关资料推荐。

获得军方的生产合作意向是进入军工领域的第一步。之后，根据所需生产产品的密级（民企一般为二级、三级），准备申请材料。材料准备完成后，由市保密局进行书面审查，通过审查后，省的军工认证委员会将对您的公司进行现场审查。

现场审查后，审查结果将直接告知您。通过现场审查意味着您已具备资格，随后，国家进行复核（通常都能通过），最后发放认证证书。

如需进一步咨询或讨论，欢迎与我联系。

保密认证流程主要由国防科工办主导，而非保密局。确保了国防领域的安全与保密措施。