上海市信息中心的机构设置涵盖了多个职能领域，确保了中心的高效运行。首先是办公室，负责行政管理工作，包括综合管理协调、资质合同管理、文件档案管理、会务组织、接待联络等，同时也负责财务和资产管理，设有财务科和总务科。

人事部，由马臻担任负责人，主要负责干部人事、党建和纪检工作，包括人才培养、人员聘用、专业技术职务评聘管理，以及劳动工资、人事档案管理和基层党组织建设，还负责协调工会和指导团组织工作，并执行纪检监察任务。

综合业务部致力于中心的长远规划，组织论坛研讨会，管理科研工作，负责内部研究刊物的编发，以及学术委员会、专家委员会和专家库的管理工作，同时负责业务资质的申请和管理。

经济监测中心（数据中心）承担宏观经济和社会发展的监测任务，对重点经济领域和企业进行运行监测，并进行发展规划与研究，为国家机关提供信息综合和研究调研报告。

低碳经济与应对气候变化中心专注于低碳经济政策研究、实施路径分析，以及能源消耗和温室气体排放的监测评估，提供低碳认证服务。

信息资源与技术开发中心负责网络信息资源的规划咨询，数据库建设和运维，同时还参与“上海市投资项目管理服务平台”的开发与运维，提供信息化专业服务。

信息化研究所（智慧发展研究中心）负责全市信息化发展战略研究，探索信息化与各领域融合，监测评估信息化水平，并进行国际交流与前瞻研究。

经济定量研究所跟踪国内外数量经济发展动态，通过定量分析研究经济总量增长和产业结构，为全市经济发展提供数据支持。

电子政务部负责电子政务规划与设计，对政府部门信息化项目进行咨询、管理和服务，同时确保信息安全运行和政府信息资源的开发与利用。

信息化培训部提供信息化服务管理、信息安全和信息技术培训，举办各类论坛活动，致力于提升市民的信息化素质。

信息人才公司则专注于人力资源服务，包括员工派遣、人事代理、人才引进培训、职称评审、猎头服务以及员工福利设计等。