初中科学课程的实验始于1991年9月。上海师大编写的初中《理科》教材于1991年9月开始在上海闵行区的几所学校进行试验，随后又扩大到普陀等区（到2002年止）；浙江省于1991年9月小范围试验，1993至2001年在全省范围内实施初中综合科学课程试验（浙教版《自然科学》，余自强主编）。21世纪初，教育部组织编写了我国第一个初中综合科学课程的课程标准。编写了四本教材，全国小范围试点。2002年秋，上海师大等编写的初中《科学》教材出版，在上海黄浦区等学校进行试验；2004年9月，浙江在全省范围内推广初中科学课程至今（浙教版《科学》).

其间，不同地区的科学课程的命运也各不相同。深圳市南山区及其他区的少部分学校于2001年9月开始实验，如今又开始在广东省积极倡导全面推行初中科学课程；河南省6个地市于2002年9月开始实验，但经过几年的实验，却先后都停了；武汉市于2004年9月开设初中科学课程，几年来，在老师、学生、家长中，要求停开的呼声不断。