水利建设基金计入税金及附加科目。

水利建设基金是按规定向国家机关、社会团体、企事业单位和在职职工征收的，用于防洪保安、重点水利工程建设的资金。通常按企业当期营业收入进行征缴。水利建设基金计入什么科目要分两种情况，具体如下：

一种是水利建设基金如果是作为一项负债，应交水利建设基金按执行的会计制度不同在“应交税费”或“其他应交款”科目核算；另一种是水利建设基金如果作为一项费用支出，则应计入“税金及附加”科目。

税金及附加科目属于损益类科目,用来核算企业日常主要经营活动应负担的税金及附加，包括消费税、城市维护建设税、资源税、土地增值税和教育费附加等。

这些税金及附加，一般根据当月销售额或税额,按照规定的税率计算，于下月初缴纳城市维护建设税和教育费附加属于附加税，是按企业当期实际缴纳的增值税、消费税税额的一定比例来计算。

水利建设基金和消费税等一样，是直接根据收入计征的水利建设基金不是税，但是是作为税性质的费用。其次，从其资金性质而言，水利建设基金和城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加等的性质是相同的，都是特定用途的税费。

综上所述，从费用支出属性方面来讲，水利建设基金应该通过“税金及附加”科目核算。