上海市ISO9000认证价格因企业规模、认证服务内容、审查过程复杂度等多因素而有所差异。对于员工人数在126-275人之间的企业，初审的最低限价通常约为21000元。

在ISO9000认证过程中，可能存在的问题包括合约审查程序书的不完善，没有包含所有要求的文书化规定，导致未能解决标单上不同要求、达成合约要求的能力以及合约变更的审查。业务人员未能将客户需求准确传达，导致合约更改处没有签章确认。此外，企业可能没有全面审查工程、质量及交期是否符合合约要求，或未充分考虑法规规定。

其他常见问题还包括合约内容未能充分转移到制造命令，合约变更时未能再次审查或与相关单位协调，变更内容未通知所有相关单位。对于电话或口头订单，企业往往没有执行合约审查流程。同时，未规定合约审查记录的保存年限，以及合约审查记录管理不善，甚至未能保存与客户通过电话、口头及传真等沟通的记录。

综合以上问题，企业在进行ISO9000认证时，可能需要额外投入资源解决这些问题，从而影响最终的认证成本。因此，企业在准备认证前，应对内部流程进行梳理，确保各项环节符合ISO9000标准要求，以减少额外费用。同时，选择专业的认证服务公司进行辅导和协助，也能有效降低认证过程中的风险和成本。