在教育层次上，潍坊科技中等专业学校和潍坊科技学院的毕业证存在显著差异。中专毕业证代表的是中等专业学历，类似于高中毕业的水平；而本科毕业证则标志着完成了本科阶段的学习，属于大学学历。

在证书内容上，中专毕业证书上会明确标注“中专”字样，以区别于其他类型的教育证书。而本科毕业证书则会注明“普通高等教育”字样，以表明其高等教育背景。

查询方式方面，中专毕业证书的信息可以在山东省教育厅的相关网站上进行验证，以确保其真实性。而本科毕业证书则需要通过教育部高等教育学生信息网（学信网）进行验证。

证书的效力也有所不同。中专毕业证书主要作为进一步深造的基础，比如进入大学、考取一些专业资格证书等。而本科毕业证书则具有更广泛的用途，可以用于考取公务员、参加司法考试、研究生入学考试等国家级考试。

在毕业时间方面，中专的学制一般为三年，而本科则需要四年的时间才能完成学业。这意味着中专学生需要更短的时间完成学业，而本科学生则需要更多的时间进行深入学习和研究。

总的来说，潍坊科技中等专业学校和潍坊科技学院的毕业证在性质、证书内容、查询方式、证书效力以及毕业时间等方面均存在显著区别，选择适合自己的教育路径至关重要。