旗山校区。根据查询福州大学官网公开信息得知，福州大学函授本科在旗山校区。福州大学继续教育学院成立于2007年8月27日，是学校充分利用现有办学资源，理清办学职能和管理职能的重要举措，进一步加强对继续教育的管理，增强办学活力和提高社会服务功能。