施工员岗位培训合格证书和施工员证在发证机构和级别上有所区别。

发证机构方面，施工员岗位培训合格证书是由各地的建筑学校等机构发放，没有统一的标准。与此不同，施工员证则是由中国建设教育协会命题。在完成培训后，由中国建设教育协会独立组织考试和批改试卷，并在考试成绩上报后，于两周内颁发由该协会盖印的《住房和城乡建设领域专业技术管理人员职业培训合格证书》。

级别方面，施工员岗位培训合格证书并未设立考试级别，而施工员证则有初级、中级、高级三个不同的层级。这种分级制度能够更好地反映持证人的专业能力和水平。