南通市如东工商行政管理局设有多个内设部门，每个部门职责明确，以确保高效运作和服务公众。

首要部门是办公室，负责全局日常协调，涵盖文秘、政务信息、信访、保密、新闻宣传、调研等工作，同时管理装备、固定资产和基建项目核算，以及协调信息化、档案管理和统计事务。

财务科则负责全系统的财务管理和预算、决算，包括经费管理、票据管理、内部审计监督，以及指导下属事业单位和会计基础工作。

人事教育科承担干部考核、任免、奖惩等人事管理工作，包括人事计划、人员调配、职称评定、工资福利等，并负责机构编制、精神文明建设、教育培训及老干部服务等工作。

法制科负责案件核审、行政复议、法律宣传和法制监督，实施执法责任制，指导全系统法制建设。

登记注册科主要负责企业、个体工商户等证照的审定、核准和颁发，以及广告登记证的审核和颁发。

监督管理科包括企业、商标、广告和个体工商户管理，负责企业年检、市场监督、商标侵权案件查处，以及广告和个体私营经济的引导和发展。

公平交易监督科负责查处市场交易违规行为，维护流通领域的商标质量和市场秩序。

消费者权益保护科主要处理侵犯消费者权益的案件，指导消费者协会和投诉举报工作。

市场合同监督管理科负责规范市场经营秩序，监管各类市场，参与市场规划，管理市场登记和统计，以及网上交易活动的监督。

最后是监察室，负责检查党的路线、方针、政策执行情况，处理党员纪律问题，加强党风廉政建设，受理检举和申诉，支持党员与不正之风作斗争，同时对下级纪检工作进行指导和培训。