圣保禄学校的十五年基础教育制度里，幼稚园三年的幼儿教育为第一阶段；由K1到K3年级，每级设有六班，合共十八班。

圣保禄学校幼稚园采用主题教学方式，透过课程的活动，启发幼儿多元智能的发展，促进其身心健康，以愉快的学习心情迎接未来的学习阶段。另外为配合二十一世纪资讯爆炸的年代，该校幼稚园以多媒体电子科技配合教学内容，从而提升幼儿的学习兴趣。 此外透过该校的互联网，家长可以得知校园内最新的资讯动态，并了解幼儿的校内情况，为学校以及家长建立一座良好的沟通桥梁。 学部六年的教育为该校十五年教育制度中的第二阶段，包括小学一年级至小学六年级。小学是一个充满朝气、活力的阶段，能让孩子对自己及整个世界有更深入的认识，培养学生作理性思考，发挥创意及建立自信。

小学课程着重强化学生的两文三语，即广东话、普通话及英文的能力，在这方面，该校利用先进的电脑语言室，以灵活的互动教学方式，提升学生在语言方面的听、讲能力。

为增强学生在思索方面的能力，该校甚为重视学生在数学方面的知识及应用技巧，要求他们事事作严谨的推理，并有条不紊地表达出来。

随着时代的变迁、科技的进步，该校小学部各课室均装设了最新的电脑装置，以配合多媒体教学之需求。另有两间电脑室，共设有一百多部电脑，使学生在六年的电脑课程里，掌握电脑的基本知识，以及使用一般的电脑软件。

该校除鼓励学生积极学习外，亦透过德育课程培养他们的品德行为。此外，学生亦可参与各类型的活动，如艺术培训、工作坊、体育训练及阅读计划等，进一步提升其兴趣及才能方面的发展，透过多元化的活动学生可在紧张的学习中取得平冲。

依从幼稚园（第一阶段）所订立的教学意向，再配合适当的课程安排，使小学学生在身心方面都得到均衡而健康的发展，为日后升读中学作好完善的准备。

该校为了让学生提供更好的学习环境，在小学部礼堂侧扩建一幢林家骏主教纪念教学大楼，为配合优化教育，本年度小学部将每班45人改为35人的小班制，小学一年级至小学六年级，每级有六班，合共三十六个班级，学生总人数一千一百七十四人，全受政府的资助，纳入免费教育网络。小学一至三年级学生在旧校舍上课，四至六年级学生在新大楼上课。新校舍五楼有舞蹈室、自然科学室、电脑室。六楼有美劳室、音乐室等…为学生提供更优化的学习环境，亦让学生有不同的潜能得以发挥。在一楼有一个饭堂，可容纳数百人，每日中午学生可以在舒适的饭堂午饍。

配合“2012课室计划”，本年度小四学生全面使用平板电脑学习各学科，小五A班的试点班学生则透过平板电脑学习数学及英文科，逐步摒弃“传统学校教育”模式，以设计独特的课程安排及创新技术为基础的学校教育计划。期望透过新的教育计划让该校的小学生有更愉快的学习生活，将来有更优秀的表现。 该校中学部的六年教育是该校十五年教育制度中的第三阶段，亦是学生升读高等院校前的最后一个阶段。这六年的中学教育分为两个紧密连贯的部份－初中及高中。此两部份的课程设置，乃经过细密之研究，承接小学教学内容而设计出来的，除着重中、英、数知识外，亦涵盖其他科目如历史、地理、物理、化学、电脑、音乐、艺术、体育等等，为学生升读大学或投身社会做好准备。

初中部份(即初一至初三年级)集中于科技应用及基础知识方面的培养、巩固学生在文学上的修养，要求他们读写文章时有条理。此外，更要学懂体谅及关怀别人，建立个人良好的价值观。

高中部份(即高一至高三年级)则以研究学术及学习专门智慧的基础为目的，故高中学生可依据个人的性向、能力及兴趣选读文组或理组课程。他们在设备完善的学习环境下，接受老师的悉心教导，并将学到的知识，加以发挥及运用。除此之外，关于面对困难或逆境时应有的处理技巧，对学生而言亦甚为重要，故在这方面，校方先让他们懂得详细分析问题，然后学会寻求问题的解决方法。谈到成功的关键，就在于学生本身积极的学习态度与自律精神。

整体而言，中学部着重提升学生在判断及解决难题的能力，鼓励他们冲破自己的极限，建立自信心及正确的价值观。中学部全面的课程设计不仅有助学生适应海内外的大学，同时亦鞭策学生追求更卓越的成就。

本年度中学部有三十三个班级，初中有十八个班级，高中有十五个班级，中学生总人数一千一百一十六人，中学部教师有八十人。校舍除设有授课的课室外，与余佩麒教学楼相连的圣大雅博科学楼，亦为学科提供更完善的专科课室，包括有历史室、地理室、设计室、美术室、物理室、生化室、电脑室、音乐室专科教室，为学生提供更优化的学习环境，亦让学生不同的潜能得以发挥。由于本年度中学部增加班级，课室不敷应用，故暂时将历史室、地理室、及设计室改装为课室，其馀专科课室继续使用。

配合“2012课室计划”，本年度中学部初一至高三级全面使用平板电脑学习各学科，完全摒弃“传统学校教育”模式，实现以设计独特的课程安排及创新技术为基础的学校教育计划。期望透过此教育计划让该校的中学生有更愉快的学习生活，将来有更优秀的表现。