在双随机检查中，若注册建造师不合格，将被要求限期整改。这些不合格的建造师将被纳入下一年度的检查名单。对于那些在工程招投标和资质申报过程中使用了这些不合格建造师的企业，各级住房城乡建设行政主管部门将会加强对他们人员社保缴纳和业绩情况的审查。

注册建造师存在的主要问题包括社保缴纳单位与注册单位不一致。这种情况下，建造师可能在两个单位同时受聘或执业，或者在项目中任职但未履行职责。这些问题不仅影响了企业的资质申报和工程招投标，也对项目的顺利实施构成了威胁。

住房城乡建设行政主管部门将对这些企业进行全面审查，包括建造师的实际工作情况、社保缴纳记录等，以确保其符合相关规定。对于存在上述问题的建造师，相关部门将督促其限期整改，整改合格后方可继续执业。

为了确保建造师执业资格的真实性和有效性，各级住房城乡建设行政主管部门将继续加强对注册建造师的管理和监督，确保其在工程项目中能够依法合规地履行职责。

对于那些未能按时完成整改的建造师，将面临更严格的处罚措施，包括暂停执业资格、撤销注册资格等。同时，相关企业也将承担相应的法律责任，以确保行业健康发展。

在此过程中，建造师和相关企业应积极配合行政主管部门的工作，及时进行整改，以确保自身权益不受损害。