安全员与特种设备安全管理员在职责范围、资格认证机构以及直接上级部门等方面存在明显差异。首先，就职责范围而言，安全员负责监督和管理所辖区域内的安全工作，以确保安全生产的实施。另一方面，特种设备安全管理员的职责专注于管理和监督特种设备的安全性能，保障这些设备的正常运行和安全。其次，关于资格认证机构，安全员的证书由安监局发放，这突显了安全生产的整体监管重要性。而特种设备安全管理员的认证则由质监局负责，这突出了对特种设备安全管理的专业性。最后，在直接上级部门方面，安全员属于安全部门，其工作与整个组织的安全战略紧密相关。相对而言，特种设备安全管理员通常归属于设备管理部门，直接负责设备的安全运行。总的来说，安全员与特种设备安全管理员在职责范围、资格认证机构以及直接上级部门等方面有明确的区分，各自从宏观和微观角度对组织的安全工作进行监管和管理。