北附同文实验小学的学费根据年级有所不同。一年级和二年级的学费为52000元/学年；而三至六年级的学费则为48000元/学年。对于北大附属益田同文学校，其国内班的学费结构也有所差异。国内班的一至二年级学费同样是52000元/学年，三至六年级的学费则调整为48000元/学年。到了初中阶段，国内班的学费提高至60000元/学年。对于普通高中班，学费则定为55000元/学年。

若学生选择国际班，学费情况则完全不同。国际班初中阶段的学费高达128000元/学年，这包括国际高中预备课程的学习。高中阶段的国际班学费进一步上升，达到了168000元/学年，课程内容包括剑桥IGCSE、A-Level课程、AP课程以及SAT课程。

除了学费之外，还有住宿和餐费等其他费用需要考虑。对于国内班学生而言，小学一至二年级的住宿费为1万元（四人间），餐费也为1万元。从三年级到六年级，餐费维持在1万元，而住宿费则减少至8000元/年（六人间）。对于初中和高中生，住宿费为5000元/年（六人间），餐费则是刷卡就餐。

而国际班的学生，住宿费为10000元/学年/生（四人间上床下桌），餐费同样采用刷卡形式支付。