底物水平磷酸是在酶的催化下，在底物的水平上直接生成ATP

在一分子葡萄糖有氧氧化时，先生成2分子3-磷酸甘油醛，准备阶段消耗两个ATP

一分子3-磷酸甘油醛，再生成1,3-二磷酸甘油酸，一直到最后的丙酮酸，有2次磷酸基团的转移，这都属于底物水平的磷酸化，生成ATP。

所以糖酵解中，一共生成4个ATP，净生成2个ATP

一分子丙酮酸变成乙酰CoA后进入在柠檬酸循环，在琥珀酰CoA到琥珀酸的过程有生成一个GTP，是GDP与Pi直接生成，也是底物水平磷酸化。