盐城生物工程高等职业技术学校提供了一系列的专业课程，涵盖了多个领域，旨在培养学生的专业技能和综合素养。学校的专业设置包括汽车驾驶与维修技术、电子信息工程、农用车驾驶与维修、机电一体化技术、软件技术与网络工程农业、信息技术、平面设计与装潢动漫设计等。此外，学校还开设了建筑工程、园林设计、服装设计与管理、物流管理、农业经济管理、电子商务含现代呼叫中心、财会与市场营销等课程。

其中，汽车驾驶与维修技术专业为学生提供了汽车驾驶、维修和保养方面的知识与技能，培养具备高素质技能型人才。电子信息工程专业则侧重于电子设备和信息技术的应用，培养具备电子信息技术基础知识和应用能力的技术人才。

农用车驾驶与维修、机电一体化技术专业主要培养具有扎实的农业机械操作与维修技能，以及机电一体化设备操作与维护能力的技术人才。软件技术与网络工程农业专业则侧重于计算机软件开发和网络工程的应用，培养具备软件开发和网络工程知识与技能的技术人才。

信息技术、平面设计与装潢动漫设计专业则关注信息技术的应用和艺术设计的创新，培养具备信息技术和艺术设计能力的技术人才。建筑工程、园林设计、服装设计与管理专业则侧重于建筑、园林和服装设计领域，培养具备相关设计与管理能力的技术人才。

物流管理、农业经济管理、电子商务含现代呼叫中心、财会与市场营销专业则侧重于物流管理、农业经济、电子商务、财务管理与市场营销，培养具备相关管理与营销能力的技术人才。