自贡市教育局根据其职责设立了八个主要内设机构，每个机构承担着特定的教育管理工作:

办公室: 主要负责机关的日常行政事务，包括文电处理、会务、信息管理、档案安全、保密工作、信访接待、后勤保障以及政务协调、公开、督查等工作。此外，还负责处理人大代表建议和政协提案，教育系统的政务信息和绩效管理，教育年鉴编纂，教育宣传，机关网站管理，行政效能建设等。

计划基建财务科: 负责教育事业的中长期规划和年度计划制定，教育基建项目的建议和投资计划，指导学校建设，教育经费标准建议，教育经费的筹措、管理和审计，以及教育统计分析和信息系统建设。此外，还负责国（境）外教育援助、贷款和合作项目的执行，以及局机关和直属事业单位的财务工作和职工保险、公积金管理。

组织人事科（行政审批服务科）: 管理机构编制、人事、退休人员等工作，指导教师队伍和行政管理人员队伍建设，教师资格认定，教师职称评聘，专家管理，教职工编制和奖惩考核，直属事业单位的领导班子建设和干部队伍建设，以及行政审批事项的办理。

基础教育科: 专注于基础教育的管理工作，推动义务教育质量提升与均衡发展，指导基础教育结构调整、教学改革，以及特殊教育和社会力量办学的指导工作。

职业教育与成人教育科: 管理普通及成人中等职业教育，制定招生计划，指导职业教育改革和师资培训，社会力量办学管理和高校函授站的管理。

高教师训科: 联系地方高等教育，指导师范生教育实习，负责中小学教师培训，建设和管理教师教育机构，制定教师队伍建设政策，指导继续教育和教师技能活动。

政教体卫艺术科: 负责中小学德育工作、政治课教学、精神文明建设，以及体育卫生、艺术教育和国防教育等。

安全法制科: 管理学校安全、保卫工作，执行相关法律法规，监督学校安全，处理安全事故，参与教育政策研究和法制教育。

机关党委: 负责机关和直属单位的党务工作，领导群团组织。