贵港市国家税务局设有多个内设部门，均为正科级，负责各个领域的税务管理工作。以下是各科室的主要职责：

1. 办公室：负责年度工作计划制定、文稿起草审核、机关事务管理、税收宣传、网站运行维护、税务科研和学术交流，以及处理代表建议和提案。

2. 政策法规科：协调综合性税收政策落实，审核文件合法性，处理重大税收案件和行政诉讼，推行执法责任制，监督税收法律法规执行情况。

3. 货物和劳务税科：主要负责增值税、消费税等税种的征收管理，解释业务问题，实施纳税评估和税源管理。

4. 所得税科：负责企业所得税等征收管理工作，制定实施办法，进行纳税评估和日常管理。

5. 收入核算科：编制税收计划，监督税款缴退库，进行税收收入分析和监控，管理税收数据。

6. 纳税服务科：协调指导纳税服务工作，落实纳税服务规范，处理纳税人投诉，推进税收信用体系建设。

7. 征收管理科：落实征管法律法规，实施纳税评估，负责税务登记、纳税申报等工作，推广税控器具和金税工程。

8. 财务管理科：审核预算决算，负责会计核算和国库支付，进行资产管理，参与财务管理审计。

9. 人事教育科：负责干部人事管理，包括编制、任免、考核等工作，组织思想政治工作和教育培训。

10. 监察室：落实纪律检查、行政监察，监督党风廉政建设，受理举报，查处违法违纪案件。

11. 大企业和国际税务管理科：服务于大型企业，负责税源管理、纳税评估等，执行国际税收协议。

12. 进出口税收管理科：负责进出口贸易税收管理，审核出口退税，执行税收政策和反骗税工作。

机关党办和离退休干部科则分别负责党群工作、精神文明建设和离退休干部的管理工作。