工程预付款起扣点的计算方法是根据未完成施工所需主要材料和构件费用与预付款数额的比例来确定。这个比例的公式是：T = P - M/N，其中T代表起扣点，即预付备料款开始扣除时已完成工程的金额；M是预付备料款的数额；N是主要材料和构件在工程总成本中的占比。施工企业通常在工程开始前获得预付备料款，用于准备施工所需的流动资金。

举个例子，如果一项工程的合同总价为100万，预付备料款为20万，主要材料和构件占比80%，那么起扣点计算为100 - 20 / 0.8 = 75万。这意味着当工程完成75万元工作量时，预付款将开始被逐步扣除。

如果合同中规定有质量保修金，起扣点的计算会有所不同。例如，100万合同价、24万预付备料款、60%材料占比和10%质量保修金，起扣点公式为T = P(1-K) - M/N，即50万。此时，预付款起扣点发生在应付工程款为50万（折合成完成工作量为50 / (1-0.1) = 55.56万）时。

总的来说，工程预付款起扣点的计算涉及到工程总价、预付款、材料占比和可能的质量保证金条款，确保了施工企业有足够的资金进行材料采购，同时保证了建设单位的工程款支付计划。