专业选择主要要看你的将来工作方向与意向，如果你倾向日本文化，很遗憾哦，这两个专业都不是研究这个的，甚至说很少有学校的本科开设日本文化研究方向的，这是个研究生课程，首先这个要明确。

应用日语，侧重于生活方向，主要培养综合能力的，学习的内容比较广泛，如果你真的对文化很感兴趣，想继续在研究生阶段深造，那么选这个会好一些，因为商务日语的方向过于单一了。

商务日语，这玩意主要讲的是郑重场合用语，也就是日语里面的尊他语和自谦语，这是一个专业的方向领域，很专业，很多日本人自己也用不好，不过这个面像工作的更加多一些，我们学校是没有开设这个研究生方向，我们的日语研究生方向是日本文化和日本古文。

这两个哪个更好更合适，我觉得还是你自己做决定比较好，基本概况就是上面说的这些了，希望能帮到你。