针对纳税人在增值税应纳税额中全额抵减的增值税税控系统专用设备费用以及技术维护费，应按照以下步骤进行操作。首先，相关费用需在增值税纳税申报表中进行正确填报。具体操作上，增值税一般纳税人应当将抵减金额填入《增值税纳税申报表(适用于增值税一般纳税人)》的第23栏，即“应纳税额减征额”。这样，纳税人在进行增值税申报时，即可实现全额抵减，有效减少应缴纳的增值税金额。