船员证书的分类主要基于航行区域、船舶等级以及船员职务和部门的不同。根据航行区域的不同，船员证书可以分为无限航区、近洋航区、沿海航区和近岸航区，分别对应甲、乙、丙、丁类。水手和机工的适任证书则分为乙类和丙类。

按照船舶等级的不同，船员适任证书进一步细分，分为一等、二等和三等。对于一等适任证书，适用于3000总吨及以上或主推进动力装置3000千瓦及以上的船舶；二等适任证书适用于500至3000总吨或主推进动力装置750至3000千瓦的船舶；三等适任证书适用于未满500总吨或主推进动力装置未满750千瓦的船舶。值得注意的是，值班水手和机工的适任证书等级仅适用于500总吨或750千瓦及以上的船舶。

从船员职务和部门的角度来看，船员可以被划分为甲板部和轮机部。甲板部包括船长、大副、二副、三副和值班水手，统称为甲板部，其中船长、大副、二副、三副被称为驾驶员。轮机部则包括轮机长、大管轮、二管轮、三管轮和值班机工，统称为轮机员，其中轮机长、大管轮、二管轮、三管轮被称为轮机员。

此外，船上还设有无线电人员，他们包括GMDSS一级无线电子员、GMDSS二级无线电子员、GMDSS通用操作员和GMDSS限用操作员，统称为无线电人员。

在船舶管理中，这些不同的证书类别确保了船员具备适当的技能和知识，能够胜任各自的工作岗位，保障航行安全。