云南共有82所各类高校，其中包括32所本科院校和50所专科院校。云南的高等教育呈现出一城独大的格局，32所本科院校中，昆明独占20所，几乎所有优质教育资源都集中在昆明。昆明拥有云南大学、昆明理工大学、云南民族大学、云南师范大学、云南农业大学、西南林业大学、昆明医科大学、云南财经大学和云南中医药大学等九所多学科大学，以及唯一的一所艺术院校云南艺术学院。

在省内其他城市中，大理作为重要城市，拥有大理大学和滇西应用技术大学两所本科层次高校，与昆明相比差距明显。曲靖市、昭通市、楚雄州、临沧市、文山州、丽江市、红河州等地区仅有一所本科院校，而怒江州、迪庆州、德宏州至今尚未有本科院校。

云南的50所专科院校中，有38所为公办高职高专，包括昆明冶金高等专科学校、云南机电职业技术学院和昆明工业职业技术学院等，这些学校中有部分入选了国家双高计划。公安消防部队高等专科学校原隶属于公安部消防局，现已划归应急管理部，是专科院校中少数的部委直属院校之一。12所民办高职院校中有11所在昆明，这在一定程度上反映了昆明地区的经济社会发展活跃度。

总体而言，云南的高等教育资源分布极不均衡，优质教育资源主要集中在昆明。其他城市尤其是边远地区，高等教育资源相对匮乏，这在一定程度上影响了当地经济社会的发展。