扬州大学附属中学东部分校目前仅有一个重点班，正式名称为南通模式班。这个班级的特色在于，它引进了南通启东、海安等地在高考研究方面有着30多年经验的专家担任教学顾问，并且与这些地区的多家学校保持着紧密合作。

在制度、师资配备和教学模式上，南通模式班都严格遵循南通地区学校的规范。学生全部实行寄宿制，接受全天候封闭管理，确保学习环境的专注和高效。实验班的学生每日坚持“两读一练”，即早读、晚读和午练，以保证学习效率。

在晚自习期间，由任课教师亲自到班进行辅导答疑，所有学生都必须参与，确保每位学生都能及时解决学习中的问题，提升个人能力。这种教学模式不仅让扬州本地的学生有机会体验到高效课堂，还能享受到南通教育模式带来的教学变革。