商船的组织结构根据船舶的技术进步而变化。目前，一艘船通常包括甲板部、轮机部和事务部，客船还会有客运部。随着船舶自动化水平的提高，无人值班机舱和单人驾驶台越来越普遍。STCW公约提倡功能发证，即船员可以跨部门从事其证书许可的职能。这种职能配员方式打破了部门界限，灵活调配人力资源，确保满足特定职能需求。相比传统模式，职能配员减少了船员总人数。

船长是船舶的领导人，负责船舶的安全生产、航行指挥、行政管理、技术业务和涉外工作。船长需严格遵守国家法规、国际公约及相关规定，确保船舶适航、适货和设备良好状态。船长负责审批货物配载计划，监督货物装卸，审批航次工作计划，并制定安全措施。在航行中，船长需确保各项计划落实，指挥防暴风、防台风等措施。船长还需保管重要文件，确保航行日志准确记载，并在紧急情况下作出决策。

大副是船长的主要助手，负责甲板部的日常工作。大副需编制维修保养计划，管理备件、物料和劳保用品。大副负责货物装卸，确保安全配载。在航行前，大副需检查货物单证，准备淡水储备，检查舱口密封情况。航行中，大副需指挥船员进行缆绳操作，确保航行安全。

二副负责驾驶台设备的管理和航行值班。二副需备妥航海资料，设计航线，填写正午报告。进出港口时，二副需指挥缆绳作业，确保安全。

三副负责救生、消防设备的管理和停泊值班。三副需编制应变部署表，指挥航行值班，记录船舶动态。

无线电电子员负责无线电通信设备的维修保养，完成通信任务。

水手长在大副领导下，组织木匠和水手进行维修保养工作。水手长负责水手航行、停泊和了望轮值表的编制，管理物料和属具。

木匠负责木工及设备的管理。木匠需定期检查舷窗、水密门等设备，并测量水舱和污水沟。

轮机长负责全船机械、动力和电气设备的技术管理。轮机长需制定操作规程和保养计划，组织修船工作。

大管轮负责领导轮机部人员进行机电设备管理、操作和检修。大管轮需管理发电原动机、主机、轴系等设备。

二管轮负责管理发电原动机及为它服务的机械设备。二管轮需加装燃油并进行测量记录。

三管轮负责管理甲板机械、泵间等设备。三管轮需管理全船电气设备。

机工在轮机长和大管轮领导下，协助轮机员进行设备检修和清洁工作。

管事负责事务部的管理和船员、旅客的生活服务。管事需办理联检、现金出纳和船员工资等工作。

大厨负责厨房工作人员的工作，采购、储备和保管粮食、副食品。厨工协助大厨完成厨房及膳食工作。

船医负责全船的医疗工作，监督船舶清洁卫生。在没有配备船医的情况下，船医的工作由大副或二副兼任。

服务员负责船员、旅客的服务工作，确保其需求得到满足。